Organizační složka jakéhokoliv zahraničního podnikatele představuje formu formálního zastoupení zahraniční společnosti na Slovensku. Organizační složka nemá vlastní právní subjektivitu, a všechny podnikatelské aktivity jsou proto prováděny jménem zahraničního podnikatele. Zápis organizační složky do slovenského obchodního rejstříku je stvrzením její oficiality. Organizační složka se rovněž registruje u živnostenského úřadu a jsou jí vydána živnostenská oprávnění.
Organizační složku řídí vedoucí organizační složky, který vykonává právní úkony týkající se pouze této organizační složky.
Do 30 dnů ode dne zápisu do obchodního rejstříku je nutné zaregistrovat organizační složku u místně příslušného správce daně. Ten vydá zaregistrovanému daňovému subjektu osvědčení o provedené registraci, na kterém uvede identifikační číslo pro konkrétní druh daně. Toto číslo je daňový subjekt povinen uvádět na všech dokladech, které bude vystavovat, a rovněž při styku se správcem daně.
Z daňového pohledu není zápis do obchodního rejstříku rozhodující a není povinností. Obdobně jako v našich zákonech je ve slovenské legislativě nesoulad mezi pojmy „organizační složka“ a „stálá provozovna“. Daňové zákony upravují povinnosti stálé provozovny, které jsou totožné i pro organizační složky zapsané do obchodního rejstříku Slovenské republiky.
V dalším textu se pod pojmem organizační složka rozumí, že se jedná současně o stálou provozovnu pro účely daně z příjmů a také o provozovnu z pohledu daně z přidané hodnoty.
Všechny organizační složky zapsané do obchodního rejstříku jsou považovány podle příslušných slovenských zákonů za účetní jednotky a jsou povinny vést podvojné účetnictví a sestavovat účetní závěrku v rozsahu a způsobem upraveným ve slovenském zákoně o účetnictví. V účetnictví organizační složky se zachycují přirozeně pouze takové účetní operace, které se týkají organizační složky, tj. její nebo na ni připadající výnosy (příjmy) a náklady, které s její činností souvisejí.
Zřizovatel organizační složky je povinen zajistit kromě vedení jejího účetnictví podle slovenských předpisů také vedení účetnictví za podnik jako celek podle českých účetních předpisů, tzn. včetně všech účetních případů slovenské organizační složky. V zásadě je možné pro zachycení účetních operací organizační složky využít dvě metody:
Za každé zdaňovací období musí organizační složka podat přiznání k dani z příjmů právnických osob. Při stanovení základu daně se vychází z účetnictví organizační složky vedeného podle slovenských zákonů. Spolu s přiznáním k dani z příjmů se místně příslušnému správci daně předkládá účetní závěrka, kterou jsou účetní výkazy (rozvaha, výkaz zisků a ztrát), a příloha k účetní závěrce.
Pokud není možné z nějakých důvodů zachytit v účetnictví organizační složky všechny s ní související operace, např. proto, že fakturace na zákazníky organizační složky je prováděna přímo zřizovatelem, je možné požádat správce daně o odsouhlasení konkrétní náhradní metody stanovení základu daně z příjmů. Jestliže správce daně tuto metodu odsouhlasí, musí být uplatňována minimálně po dobu jednoho zdaňovacího období, přitom ke změně metody nemůže dojít v průběhu zdaňovacího období. Sazba daně z příjmů právnických osob je na Slovensku 19 %.
Přiznání k dani z příjmů se odevzdává správci daně do tří měsíců od ukončení zdaňovacího období. Od roku 2009 je možné na základě oznámení správci daně automatické prodloužení této lhůty o tři měsíce.
Příjmy dosahované organizační složkou na Slovensku musejí být zdaněny nejen na Slovensku, ale současně musejí být přiznány ke zdanění v České republice. Je to proto, že zřizovatel organizační složky je českým daňovým rezidentem a ve státě svého rezidentství musí zdaňovat a přiznávat všechny své celosvětové příjmy. Smlouva mezi Českou republikou a Slovenskou republikou o zamezení dvojímu zdanění a zabránění daňovému úniku v oboru daní z příjmu a z majetku, č. 100/2003 Sb. m. s., stanoví v čl. 22, jakým způsobem bude dvojí zdanění příjmu vyloučeno. Jde o metodu tzv. prostého zápočtu, tzn. že od daňové povinnosti z celosvětového příjmu českého zřizovatele organizační složky bude odečtena daň z příjmu zaplacená na Slovensku. Výše možného odpočtu slovenské daně je ovšem limitována výší české daně z příjmů, která by poměrně připadala na slovenský příjem, pokud by byl realizován v tuzemsku. Vzhledem k tomu, že sazba daně z příjmů právnických osob není na Slovensku vyšší než v České republice, je možné daň zaplacenou na Slovensku odpočítat vždy, ovšem za podmínky, že v Česku bude vykázán kladný základ daně a vypočtena daň. V případě, že bude vykázána v Česku ztráta, odečet slovenské daně není možné uplatnit. V následujícím zdaňovacím období bude však neuplatněný odpočet slovenské daně zahrnut mezi daňově uznatelné výdaje zřizovatele.
Daň zaplacenou na Slovensku prokáže zřizovatel organizační složky potvrzením slovenského správce daně.
Pro registraci organizační složky k dani z přidané hodnoty je zapotřebí odlišit, zda organizační složka má na Slovensku personální a materiální vybavení, či nemá. Pokud toto vybavení má, pak se může registrovat k DPH buď dobrovolně nebo povinně jako kterákoliv jiná ze slovenského pohledu tuzemská osoba.
Při překročení obratu 49.790 EUR za uplynulých dvanáct kalendářních měsíců vzniká registrace povinně. Dobrovolná registrace je možná na základě žádosti, přitom správce daně je oprávněn prověřit, zda je vykonávána ekonomická činnost a zda jde o osobu podléhající dani.
Zdaňovacím obdobím je buď kalendářní měsíc nebo kalendářní čtvrtletí. V případě, že byl obrat plátce za předchozí kalendářní rok nižší než 331.939,19 EUR, je zdaňovacím obdobím v následujícím kalendářním roce kalendářní čtvrtletí. I v tomto případě si plátce může zvolit kalendářní měsíc, je však nutné, aby tuto skutečnost správci daně oznámil. Přiznání k dani z přidané hodnoty se podává do 25. dne měsíce následujícího po zdaňovacím období, ve stejné lhůtě je splatná daňová povinnost uvedená v přiznání. Souhrnné hlášení se podává do 20. dne měsíce následujícího po zdaňovacím období a výkaz Intrastat do 15. dne měsíce následujícího po měsíci, kterého se týká.
Protože organizační složka nemá vlastní právní subjektivitu, je vzájemné dodání zboží a služeb mezi ní a zřizovatelem vnitropodnikovým plněním. Zatímco vzájemná fakturace služeb nebude do přiznání k DPH ani do souhrnného hlášení uváděna, u dodání zboží tato povinnost existuje.
V případě dodávek zboží mezi zřizovatelem a jeho provozovnou na Slovensku se jedná o tzv. přemístění obchodního majetku. Přemístěním obchodního majetku se rozumí odeslání nebo přeprava majetku z tuzemska do jiného členského státu pro uskutečňování jeho ekonomických činností v jiném členském státě.
Prakticky to znamená, že dopraví-li český zřizovatel na Slovensko např. nábytek pro kancelář organizační složky, uvede jeho hodnotu v českém přiznání k dani z přidané hodnoty jako dodání zboží do jiného členského státu a současně do souhrnného hlášení. Organizační složka na Slovensku z hodnoty nábytku přizná ve slovenském přiznání k DPH daň z pořízení zboží z jiného členského státu a současně si uplatní nárok na odpočet. Obdobně bude postupováno, pokud by zboží (obchodní majetek) byl fyzicky přemisťován ze Slovenska zřizovateli do České republiky.
Se zaměstnanci organizační složky musí být uzavřena pracovní smlouva. Pokud jsou zaměstnanci občany Slovenska a práce je vykonávána na Slovensku, musí být pracovní poměr sjednán podle slovenského zákoníku práce.
Organizační složka jako zaměstnavatel musí přihlásit zaměstnance k zdravotnímu a sociálnímu pojištění a pravidelně odvádět tato pojištění v zákonné výši a lhůtě jak za zaměstnance, tak za zaměstnavatele. Jako zaměstnavatel musí organizační složka počítat s výdajem na zákonné odvody pojištění ve výši 35,2 % z mezd, z toho:
Za každý měsíc použití motorového vozidla pro podnikání na Slovensku se platí daň z motorových vozidel. Správcem této daně je obec, která vyhlašuje sazby svým všeobecně závazným nařízením. Např. sazba daně z motorového vozidla o objemu motoru do 2 000 cm3 používaného v Bratislavě je 135,10 EUR za rok.
Pro podnikání na Slovensku je možné využívat i vozidlo s jinou než slovenskou státní poznávací značkou.
Organizační složka, jejímž zřizovatelem je osoba se sídlem v Evropské unii, se může stát vlastníkem nemovitosti na Slovensku (s některými výjimkami u zemědělské půdy a nemovitostí, které podléhají zvláštním právním předpisům - horní zákon, vodní zákon, zákon o ochraně přírody krajiny atp.). Daň z nemovitostí závisí na druhu nemovitosti a lokalitě. Např. roční sazba za stavbu na území Starého města v Bratislavě je 8,299 EUR/m2.
Podnikatelé mají v zásadě dvě základní možnosti pro podnikání na Slovensku, a to přímé podnikání prostřednictvím organizační složky nebo nepřímé prostřednictvím kapitálové účasti na dceřiné společnosti. Jak organizační složka, tak dceřiná společnost je povinna plnit na Slovensku řadu shodných povinností (registrace k podnikání, placení daní atd.). Určitou výhodou organizační složky je, že při jejím zřízení není třeba skládat žádný základní kapitál, nevýhodou je ovšem její omezená, resp. žádná právní subjektivita, což může vést k různým daňovým, účetním i právním komplikacím.